Часть 1 - ctOS Chicago
Здесь описываются дополнения к каноническим событиям



В то время как Агенты Машины в Нью-Йорке, скрываются под новыми именами и вымышленными личностями, Самаритянин, начинает разработку ctOS - Операционную систему управления городами. Под предлогом безопасности и удобства, в город Чикаго внедряется система, способная управлять буквально всем - светофоры, газораспределительные станции, мобильная связь - все оказывается в подчинении компьютера.
Самаритянин получил доступ ко всему - данные серверов и компьютеров, мобильная переписка, камеры переносных устройств, и самое главное, люди сами дают разрешение на доступ, устанавливая на свои устройства ctOS.
Подрядчиком выступает дочерняя для корпорации Decima Technologies корпорация Blume.
План воплощается без изьянов - мэром Чикаго становится Донован, который даст ctOS еще полномочий.

Часть 2 - Хакеры DedSec и Эйден Пирс
Здесь описываются дополнения к каноническим событиям

На ctOS начинается ряд хакерских атак - с целью получить доступ к сети для тех или иных целей. Из общего числа хакеров больше всего выделяется Эйден Пирс и группировка хакеров DedSec. Blume нанимает ряд устранителей, для того чтобы вычислить и найти людей угрожающих вскрыть всю информацию об изначальных целях ctOS, что может вывести на Самаритянина.
Несмотря на все потуги корпорации по защите системы, заручившись поддержкой Клары Лилл, хакерши из DedSec, и Рэймонда Кинни, создателя части кода ctOS, Эйден Пирс получает почти полный контроль над системой. Но ввиду того что он занят личной вендеттой - поиском заказчиков убийства своей племянницы Лены Пирс, - он не воспринимает дополнительную информацию. Хотя он и отказывается поделиться доступом с DedSec, организация все же находит и публикует часть данных, которая помогает сместить мэра Донована с его поста.
Казалось бы, проект ctOS на грани провала.

Часть 3 - ctOS 2.0
Здесь описываются дополнения к каноническим событиям

Несмотря на весь урон, нанесенный проекту, Самаритянин продолжает внедрять ctOS по всей Америке, преследуя свою цель – получение тотального контроля над человечеством. Быстрое расширение сети позволяет DedSec получить больше информации, а именно узнать , что всей системой управляет Искусственный Интеллект.
Все, кто получает эти данные, становятся второй угрозой для Самаритянина, все, кто не умеет хорошо прятаться или недостаточно умело заметает следы, устраняется Агентами Десима Текнолоджиз.
Джуди Крейн, хакер из DedSec, обращается к Эйдену Пирсу за помощью в поиске тех, кто стоит за смертями большинства хакеров. Именно таким образом члены ячейки Пирса, становятся чуть ли не единственными, имеющими доступ к ctOS 2.0 и знающими что за всем этим стоит ИИ Самаритянин. На них объявлена охота.

Часть 4 - Machine Agents
Здесь описываются дополнения к каноническим событиям

В это же время Машина получает сообщение об объявлении войны со стороны Самаритянина. Получив номер Джуди Крейн, Машина одновременно узнает о том, что с ее помощью может получить доступ к ctOS, тем самым обезопасив Гарольда Финча, и дать команде дополнительные возможности.
Рут и другие Агенты приступают к поиску Джуди, находящейся под защитой Пирса и Кинни.

И теперь вопрос остается только в том, чем это все закончится: завербует ли Машина новых агентов, умеющих успешно обходить защиту ctOS, или команды разойдутся после того, как каждый получит что хочет? А возможно у них нет шансов против продолжающего усиливаться Самаритянина?